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Table 5 HLA class-II alleles binding epitopes predicted by IEDB server

From: Bioinformatics analysis of epitope-based vaccine design against the novel SARS-CoV-2

Peptides

Position

HLA class-II alleles

Vaxijen score

IKLDDKDPN

337–345

DRB1_0701, DRB1_0301, DRB3_0101, DRB1_0405, DPA1_0301/DPB1_0402, DQA1_0101/DQB1_0501, DRB1_0901, DRB1_1101, DRB5_0101, DRB4_0101, DRB1_0101, DRB1_1302, DQA1_0501/DQB1_0301, DPA1_0103/DPB1_0201,

2.3118

RSGARSKQR

32–40

DRB5_0101, DRB4_0101, DQA1_0501/DQB1_0301

1.7874

RIGMEVTPS

319–327

DRB1_1101, DRB1_0401, DRB1_0405, DQA1_0102/DQB1_0602, DRB1_0802, DRB1_0301, DPA1_0301/DPB1_0402, DRB4_0101, DQA1_0501/DQB1_0301, DRB1_0901, DRB5_0101, DQA1_0401/DQB1_0402, DRB1_0101, DRB1_0701, DQA1_0501/DQB1_0201, DRB1_1501, DPA1_0201/DPB1_0101, DPA1_0103/DPB1_0201

1.5314

RGTSPARMA

203–211

DQA1_0501/DQB1_0301, DRB1_0901,

DQA1_0102/DQB1_0602

1.2953

LSPRWYFYY

104–112

DRB1_0405, DQA1_0101/DQB1_0501, DPA1_0103/DPB1_0201, DPA1_0201/DPB1_0501, DRB3_0101, DRB1_1201, DRB1_1302, DPA1_0201/DPB1_0101, DRB1_0901, DQA1_0501/DQB1_0201, DRB1_1501, DRB1_1101, DRB1_0101, DRB1_0401, DRB1_0701, DPA1_0301/DPB1_0402, DRB5_0101, DRB1_0301

1.2832

PRGQGVPIN

67–75

DQA1_0501/DQB1_0301, DRB1_1302, DRB1_0101, DRB1_0901, DRB1_0401, DRB1_0701, DRB1_1501, DRB1_0405

1.1707